El parque Entrenubes presenta más de 15 polígonos de invasión, por lo cual la relación que existe entre la administración del parque y la comunidad aledaña es vital para su preservación.

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El barrio El Triunfo, el sector de Juan Rey II y el barrio San Germán son los 3 puntos de invasión más críticos en el parque. Cada uno de estos barrios cuenta con más de 200.000 habitantes cada uno y el nivel de contaminación ambiental que generan no tiene un control.

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En el caso del Triunfo, el barrio tiene complicaciones con los desechos sólidos por la falencia del servicio de acueducto y alcantarillado, al igual que con el servicio recolector de basura.

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Este barrio presenta problemas legales con 5 familias que no cuentan con los documentos legales para construir, ni las escrituras de los predios. Estos inconvenientes legales afectan a la sociedad del barrio y esto termina por ocasionar conflictos ambientales en el parque.

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El barrio San Germán es el barrio más crítico de invasión en Entrenubes, las mayoría de las casas están hechas de latas, plásticos y trozos de madera, no cuentan con alcantarillado, servicio de recolección de basura y los servicios públicos son luz y agua. Los desechos sólidos desembocan en las quebradas que nacen en el parque y la basura generada por los habitantes del barrio terminan entre los árboles y plantas que nacen en el territorio protegido.